{ "metadata": { "title": "Human Genome Labs — base de conocimiento molecular", "language": "es", "version": "1.0.0", "schema_version": "1.0.0", "released_at": "2026-07-10", "scope": "Plataforma científica evolutiva para genética molecular y genómica de sistemas, organizada en contratos estables, módulos versionados, perfiles de organismo, formatos interoperables y niveles explícitos de evidencia.", "license": "CC0-1.0 para los hechos estructurados del proyecto; verificar licencias y términos de cada fuente externa.", "limitations": [ "No sustituye una base clínica ni una anotación genómica completa.", "No interpreta variantes ni entrega recomendaciones médicas.", "Una traducción computacional no demuestra que una proteína exista o sea funcional.", "Las referencias externas evolucionan; el manifiesto registra accesiones y fechas verificadas.", "Los detectores de motivos estructurales identifican candidatos de secuencia; no demuestran que una estructura exista in vivo.", "La interpretación de variantes es molecular y exploratoria; no sustituye anotación clínica, guías ACMG/AMP ni evaluación profesional.", "Los modelos de pangenoma, célula única, epigenómica y cromatina se representan como metadatos y flujos de trabajo; el repositorio no reemplaza pipelines especializados.", "Las estimaciones de frecuencia alélica dependen de profundidad, sesgos de secuenciación, calidad de mapeo y diseño experimental." ], "notes": [ "Los codones se interpretan según el marco de lectura y el código genético seleccionado.", "Los símbolos IUPAC ambiguos representan conjuntos posibles de bases.", "El proteoma no es una lista estática de todas las proteínas expresadas en toda condición biológica.", "biology.json es un bundle generado desde archivos de dominio; los cambios deben realizarse en data/domains y regenerarse con pnpm data:bundle." ] }, "bases": [ { "symbol": "A", "name_es": "Adenina", "type": "Purina", "in_dna": true, "in_rna": true, "pairs_dna_with": "T", "pairs_rna_with": "U" }, { "symbol": "C", "name_es": "Citosina", "type": "Pirimidina", "in_dna": true, "in_rna": true, "pairs_dna_with": "G", "pairs_rna_with": "G" }, { "symbol": "G", "name_es": "Guanina", "type": "Purina", "in_dna": true, "in_rna": true, "pairs_dna_with": "C", "pairs_rna_with": "C" }, { "symbol": "T", "name_es": "Timina", "type": "Pirimidina", "in_dna": true, "in_rna": false, "pairs_dna_with": "A", "pairs_rna_with": null }, { "symbol": "U", "name_es": "Uracilo", "type": "Pirimidina", "in_dna": false, "in_rna": true, "pairs_dna_with": null, "pairs_rna_with": "A" } ], "base_pairs": [ { "dna_pair": "A-T", "hydrogen_bonds": 2 }, { "dna_pair": "C-G", "hydrogen_bonds": 3 } ], "amino_acids": [ { "one_letter": "A", "three_letter": "Ala", "name_es": "Alanina", "name_en": "Alanine", "category": "No polar", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Alifática", "mass": 71.0788, "description": "Pequeña y flexible; frecuente en regiones internas de proteínas.", "codons_dna": [ "GCA", "GCC", "GCG", "GCT" ], "codons_rna": [ "GCA", "GCC", "GCG", "GCU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "R", "three_letter": "Arg", "name_es": "Arginina", "name_en": "Arginine", "category": "Básico", "charge": "Positiva", "polarity": "Polar", "side_chain": "Guanidinio", "mass": 156.1875, "description": "Puede formar enlaces iónicos y participar en la unión a ADN y ARN.", "codons_dna": [ "AGA", "AGG", "CGA", "CGC", "CGG", "CGT" ], "codons_rna": [ "AGA", "AGG", "CGA", "CGC", "CGG", "CGU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "N", "three_letter": "Asn", "name_es": "Asparagina", "name_en": "Asparagine", "category": "Polar sin carga", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar", "side_chain": "Amida", "mass": 114.1038, "description": "Puede formar enlaces de hidrógeno; participa en sitios de N-glicosilación.", "codons_dna": [ "AAC", "AAT" ], "codons_rna": [ "AAC", "AAU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "D", "three_letter": "Asp", "name_es": "Ácido aspártico", "name_en": "Aspartic acid", "category": "Ácido", "charge": "Negativa", "polarity": "Polar", "side_chain": "Carboxilato", "mass": 115.0886, "description": "Suele participar en catálisis y enlaces iónicos.", "codons_dna": [ "GAC", "GAT" ], "codons_rna": [ "GAC", "GAU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "C", "three_letter": "Cys", "name_es": "Cisteína", "name_en": "Cysteine", "category": "Polar sin carga", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar", "side_chain": "Tiol", "mass": 103.1388, "description": "Puede formar puentes disulfuro que estabilizan proteínas.", "codons_dna": [ "TGC", "TGT" ], "codons_rna": [ "UGC", "UGU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "E", "three_letter": "Glu", "name_es": "Ácido glutámico", "name_en": "Glutamic acid", "category": "Ácido", "charge": "Negativa", "polarity": "Polar", "side_chain": "Carboxilato", "mass": 129.1155, "description": "Aporta carga negativa y participa en catálisis y enlaces iónicos.", "codons_dna": [ "GAA", "GAG" ], "codons_rna": [ "GAA", "GAG" ], "canonical": true }, { "one_letter": "Q", "three_letter": "Gln", "name_es": "Glutamina", "name_en": "Glutamine", "category": "Polar sin carga", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar", "side_chain": "Amida", "mass": 128.1307, "description": "Forma enlaces de hidrógeno y contribuye a interacciones proteína-proteína.", "codons_dna": [ "CAA", "CAG" ], "codons_rna": [ "CAA", "CAG" ], "canonical": true }, { "one_letter": "G", "three_letter": "Gly", "name_es": "Glicina", "name_en": "Glycine", "category": "No polar", "charge": "Neutra", "polarity": "Especial", "side_chain": "Hidrógeno", "mass": 57.0519, "description": "El aminoácido más pequeño; entrega gran flexibilidad a la cadena.", "codons_dna": [ "GGA", "GGC", "GGG", "GGT" ], "codons_rna": [ "GGA", "GGC", "GGG", "GGU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "H", "three_letter": "His", "name_es": "Histidina", "name_en": "Histidine", "category": "Básico", "charge": "Variable", "polarity": "Polar", "side_chain": "Imidazol", "mass": 137.1411, "description": "Su carga puede cambiar cerca del pH fisiológico; es común en sitios activos.", "codons_dna": [ "CAC", "CAT" ], "codons_rna": [ "CAC", "CAU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "I", "three_letter": "Ile", "name_es": "Isoleucina", "name_en": "Isoleucine", "category": "No polar", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Alifática ramificada", "mass": 113.1594, "description": "Favorece núcleos hidrofóbicos y estructuras compactas.", "codons_dna": [ "ATA", "ATC", "ATT" ], "codons_rna": [ "AUA", "AUC", "AUU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "L", "three_letter": "Leu", "name_es": "Leucina", "name_en": "Leucine", "category": "No polar", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Alifática ramificada", "mass": 113.1594, "description": "Muy común en el interior hidrofóbico de proteínas.", "codons_dna": [ "CTA", "CTC", "CTG", "CTT", "TTA", "TTG" ], "codons_rna": [ "CUA", "CUC", "CUG", "CUU", "UUA", "UUG" ], "canonical": true }, { "one_letter": "K", "three_letter": "Lys", "name_es": "Lisina", "name_en": "Lysine", "category": "Básico", "charge": "Positiva", "polarity": "Polar", "side_chain": "Amino", "mass": 128.1741, "description": "Interactúa con grupos negativos y puede sufrir múltiples modificaciones.", "codons_dna": [ "AAA", "AAG" ], "codons_rna": [ "AAA", "AAG" ], "canonical": true }, { "one_letter": "M", "three_letter": "Met", "name_es": "Metionina", "name_en": "Methionine", "category": "No polar", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Tioéter", "mass": 131.1926, "description": "ATG actúa normalmente como codón de inicio y aporta metionina.", "codons_dna": [ "ATG" ], "codons_rna": [ "AUG" ], "canonical": true }, { "one_letter": "F", "three_letter": "Phe", "name_es": "Fenilalanina", "name_en": "Phenylalanine", "category": "Aromático", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Fenilo", "mass": 147.1766, "description": "Aromático e hidrofóbico; participa en el empaquetamiento de proteínas.", "codons_dna": [ "TTC", "TTT" ], "codons_rna": [ "UUC", "UUU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "P", "three_letter": "Pro", "name_es": "Prolina", "name_en": "Proline", "category": "Especial", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Anillo pirrolidina", "mass": 97.1167, "description": "Restringe la cadena y puede generar giros o interrumpir hélices.", "codons_dna": [ "CCA", "CCC", "CCG", "CCT" ], "codons_rna": [ "CCA", "CCC", "CCG", "CCU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "S", "three_letter": "Ser", "name_es": "Serina", "name_en": "Serine", "category": "Polar sin carga", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar", "side_chain": "Hidroxilo", "mass": 87.0782, "description": "Puede formar enlaces de hidrógeno y ser fosforilada.", "codons_dna": [ "AGC", "AGT", "TCA", "TCC", "TCG", "TCT" ], "codons_rna": [ "AGC", "AGU", "UCA", "UCC", "UCG", "UCU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "T", "three_letter": "Thr", "name_es": "Treonina", "name_en": "Threonine", "category": "Polar sin carga", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar", "side_chain": "Hidroxilo", "mass": 101.1051, "description": "Puede ser fosforilada y participar en enlaces de hidrógeno.", "codons_dna": [ "ACA", "ACC", "ACG", "ACT" ], "codons_rna": [ "ACA", "ACC", "ACG", "ACU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "W", "three_letter": "Trp", "name_es": "Triptófano", "name_en": "Tryptophan", "category": "Aromático", "charge": "Neutra", "polarity": "Mayormente hidrofóbica", "side_chain": "Indol", "mass": 186.2132, "description": "El aminoácido canónico de mayor masa; absorbe luz ultravioleta.", "codons_dna": [ "TGG" ], "codons_rna": [ "UGG" ], "canonical": true }, { "one_letter": "Y", "three_letter": "Tyr", "name_es": "Tirosina", "name_en": "Tyrosine", "category": "Aromático", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar aromática", "side_chain": "Fenol", "mass": 163.176, "description": "Aromático con grupo hidroxilo; puede ser fosforilado.", "codons_dna": [ "TAC", "TAT" ], "codons_rna": [ "UAC", "UAU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "V", "three_letter": "Val", "name_es": "Valina", "name_en": "Valine", "category": "No polar", "charge": "Neutra", "polarity": "Hidrofóbica", "side_chain": "Alifática ramificada", "mass": 99.1326, "description": "Favorece el núcleo hidrofóbico de proteínas.", "codons_dna": [ "GTA", "GTC", "GTG", "GTT" ], "codons_rna": [ "GUA", "GUC", "GUG", "GUU" ], "canonical": true }, { "one_letter": "U", "three_letter": "Sec", "name_es": "Selenocisteína", "name_en": "Selenocysteine", "category": "Especial", "charge": "Neutra", "polarity": "Polar", "side_chain": "Selenol", "mass": 150.0388, "description": "Aminoácido proteinogénico especial. UGA puede recodificarse como selenocisteína cuando existen señales celulares específicas.", "codons_dna": [], "codons_rna": [ "UGA (recodificación especial)" ], "canonical": false }, { "one_letter": "O", "three_letter": "Pyl", "name_es": "Pirrolisina", "name_en": "Pyrrolysine", "category": "Especial", "charge": "Positiva débil", "polarity": "Polar", "side_chain": "Pirrolina", "mass": null, "description": "Aminoácido proteinogénico especial presente en algunos microorganismos; no forma parte habitual del proteoma humano.", "codons_dna": [], "codons_rna": [ "UAG (recodificación especial en algunos organismos)" ], "canonical": false } ], "codons": [ { "dna": "AAA", "rna": "AAA", "amino_acid": "K", "is_start": false, "is_stop": false, "amino_acid_standard": "K", "amino_acid_mitochondrial_human": "K" }, { "dna": "AAC", "rna": "AAC", "amino_acid": "N", "is_start": false, "is_stop": false, "amino_acid_standard": "N", "amino_acid_mitochondrial_human": "N" }, { "dna": "AAG", "rna": "AAG", 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